所谓善始善终，说的就是开始要好结尾也要好，对于冻干机的运行来说，既然有好的开始，那么关机停运时自然也不能马虎，也要按照正确的步骤来操作关机。
　　
　　1、将冻干机的快速充气阀接嘴插入快速充气阀座，同时关“真空泵”电源开关，使空气缓缓进入冷肼;如需充入惰性气体，则将惰性气体的减压导管连接“充气口”;
　　
　　2、关闭冻干机的“真空计”、“制冷机”，如长期不用应拔掉电源线；
　　
　　3、提起有机玻璃罩，将物品取出，保存，冷冻干燥结束；
　　
　　4、冷肼中的冰化成水后，需将水从快速充气阀口排除，操作与充气相似；
　　
　　5、清理冷肼中的水分和杂质，妥善保养设备；
　　
　　6、多歧管型，应逐个关闭橡胶阀并取下冻干瓶后再重复关机操作。